本所前身為臺灣臺東外役監獄武陵農場，民國六十五年七月一日，為因應時代需要，並貫徹分監管理之原則，將武陵農場獨立為第一所專業外役監獄，即「臺灣武陵外役監獄」。而臺灣臺東外役監獄本部仍恢復為普通監獄，即臺灣臺東監獄。

    嗣因法務部鑑於犯罪率逐年遞增，各監所超額收容問題日趨嚴重，亟待有效紓解，爰自民國八十八年七月一日起改制為「臺灣武陵監獄」，收容五年以下短期刑之收容人。其後法務部為貫徹政府反毒決心，特別規劃於全國北、中、南、東各成立一所獨立戒治所，期以專責機構收容形式，有效結合醫療、社工、心理輔導等各方面資源，從事吸毒者之毒品戒治工作。

    緣此，奉行政院核定於民國九十五年十月一日將原與臺灣臺東監獄合署辦公之臺東戒治所搬遷至臺灣武陵監獄現址，原臺灣武陵監獄配合裁撤。目前本所以花蓮、臺東地區經法院依毒品危害防制條例裁定強制戒治之男性受戒治人為主要收容對象，另附設臺東監獄武陵分監，收容刑期五年以下受刑人，暨附設臺東監獄武陵外役分監，收容符合外役監獄條例之收容人從事外役作業，一○○年一月一日因應法務部矯正署成立，機關改隸更名為法務部矯正署臺東戒治所。

    110年12月10日司法院大法官釋字第812號解釋宣告強制工作違憲後，法務部矯正署所屬各技能訓練所不再收容受強制工作處分人，其收容屬性也以一般受刑人為主。為因應此一變革，矯正署針對東部地區各矯正機關之組織功能及收容對象進行通盤檢討，於112年9月15日將臺東戒治所由鹿野鄉遷至其現址並附設觀察勒戒所，收容台東地檢署指揮執行之男性成年觀察勒戒人及臺東監獄台東分監，收容刑期未滿五年之男性受刑人。